农民合作社产业链不断延伸、外部资源渗透与联结强化等新形势,迫切要求建立客观科学的农民合作社治理评价体系。本研究借鉴委托代理理论、利益相关者理论以及交易成本理论,结合农民合作社组织特征,从组织结构、内部控制、社员治理、利益相关者治理和信息披露五大方面,采用综合评价法和专家评分评价法构建农民合作社治理评价指标体系,创设治理指数,并利用四川省10个县439家农民合作社的调查数据进行分析。结果表明:合作社组织结构普遍较为完整,但在成员账户设立、社员参与盈余分配程度、社务信息透明度等内部控制和信息披露方面较为薄弱;在利益相关者治理方面,合作社表现出与上下游企业和农户关系不稳定;示范社治理水平明显高于非示范社,地区农合治理水平差异大且与当地经济呈现无显著相关关系。因此,提升合作社治理水平应:一是注重内部控制环节,督促设立成员账户,科学调整盈余返还制度;二是合理引入外部资源并明晰利益联结关系,逐步规范社务公开信息制度;三是进一步出台激励政策,引导发挥示范社示范和带动效应。